Přestože se rogaining běhá ve světě již 50 let a horský orientační běh ještě déle, v České republice o těchto dvou sport. disciplínách založených na navigaci v terénu vědělo jen pár zasvěcenců a nebyl zde dosud uspořádán žádný regulérní závod. Až z okruhu reprezentačního družstva v orientačním běhu vzešla v červenci 1996 myšlenka založit asociaci, která by se o rozvoj rogainingu a horského orientačního běhu v České republice starala.
Začátkem října 1996 byla ČAR oficiálně ustanovena. Její vedení si za svůj cíl dalo zejména začlenění ČAR do tělovýchovných struktur České republiky, rozšíření tohoto sportu mezi veřejnost a zabezpečení reprezentace České republiky na světových soutěžích. Do ČAR začali vstupovat jednotlivci i kluby a v roce 2001 měla členská základna již přes 1000 členů. V říjnu 1996 pořádala ČAR první závod v horském orientačním běhu a v roce 1997 se konalo Mistrovství republiky v rogainingu i horském OB.